Pakar Bioinformatika Genom Institut Teknologi Bandung (ITB) Husna Nugrahapraja, S.Si., M.Si., Ph.D. melakukan ekspedisi keanekaragaman hayati di sepanjang laut dalam Sumatera bersama Kemenkomarves, BRIN, dan Konservasi Indonesia menggunakan teknologi Genome Mining. Riset ini dipaparkan pada "Sharing Session and University Lecture Tour, Indonesia Joint Expedition 2024" di Bali, Selasa (23/7/2024).

Spesies seperti mikroba yang hidup di perairan yang sangat dalam dengan kondisi yang ekstrem dingin (psikrofilik) dan bertekanan tinggi (barofilik) memiliki genetika yang unik untuk dapat beradaptasi dan bertahan hidup.

Tidak hanya kemampuannya dalam beradaptasi, genetika ini pun mendukung mikroba mampu melakukan siklus biogeokimia dalam mengubah material anorganik menjadi organik maupun sebaliknya.

“Salah satu aim kita di sini yaitu tidak hanya mendapatkan informasi genetik, tapi bagaimana bisa membuat bakteri yang ada di dalam laut itu bisa kita produksi di dalam laboratorium,” kata beliau.

Proses pengambilan sampel dilakukan pada kedalaman hingga lebih dari 4.000 meter di bawah laut. Ilmuwan memerlukan sekitar 20 liter sampel air pada setiap titik kedalaman dan juga sedimen untuk memperoleh sampel mikroba yang cukup.

Selanjutnya, sampel disaring pada media dengan nutrisi tertentu untuk mendapatkan mikroba. Sampel akan disimpan dan dilakukan ekstraksi serta sequencing DNA. Dengan bantuan teknologi Genome Mining memungkinkan ilmuwan untuk mengidentifikasi gen-gen baru dari makhluk hidup tersebut.

“Kita berusaha mempreservasi data dengan tidak hanya menumbuhkan bakteri di laboratorium, tapi juga dengan mengurai terlebih dahulu informasi genetiknya seperti apa,” ujarnya.

Sumber daya genetik dari mikroba ini dapat direplikasi di laboratorium untuk menghasilkan metabolit sekunder potensial yang berguna dalam pengembangan obat-obatan dan produk bioteknologi seperti antikanker dan antimikroba.

Pengembangan produk medis berbasis maritim dari mikroba laut dalam dapat mengurangi ketergantungan pada sumber daya terestrial (daratan) yang terbatas dan berisiko habis.

Reporter: Ardiansyah Satria Aradhana (Rekayasa Pertanian, 2020)