Keio University Graduate School of Media and Governance telah menandatangani perjanjian dengan empat program sarjana dan lima program pascasarjana perguruan tinggi di Indonesia untuk mengembangkan Linkage Program. Linkage Program adalah progam pengembangan personel yang diinisiasi oleh pemerintah Indoensia, yang dibiayai oleh pinjaman yen dari Japan Bank for International Cooperation (JBIC). Di bawah program ini, program sarjana dan pascasarjana Indonesia yang telah menandatangani perjanjian dan beberapa program pascasarjana Jepang telah membuat komitmen individual untuk mendidik pelayan (PNS) publik pusat dan lokal mereka. Program ini didesain sebagai program double-degree, dimana mahasiswa Indonesia menghabiskan tahun pertama di sekolah pascasarjana di Indonesia, dan di tahun kedua di sekolah pascasarjana di Jepang. Jadi menerima gelar master dari dua program pascasarjana. Grup mahasiswa perdana akan memasuki tahap program matrikulasi pada September 2006, dan diterima di Jepang pada September 2007. Selain Keio University's Graduate School of Media and Governance, terdapat 19 program sarjana dan pascasarjana lainnya di Jepang, yang akan menerima mahasiswa Indonesia. Salah satu dari program studi perguruan tinggi yang mengikat kerja sama dengan Keio ini adalah Sekolah Arsitektur dan Perencanaan Pembangunan Kebijakan (SAPPK) ITB. Selain itu juga terdapat program pascasarjana Ekonomi, UI; program pascasarjana Perencanaan Kota dan Wilayah, UGM; Program Master Ekonomi Pembangunan, UGM; Fakultas Ilmu Administrasi, Universitas Brawijaya.