Menurut studi WHO, orang yang terpapar COVID-19 akan muncul gejala dalam kurun waktu dua minggu setelah kontak virus. PCR dapat langsung mendeteksi virus dua minggu setelah terpapar COVID-19 atau tepat saat gejala awal muncul. “Sedangkan rapid test merupakan pengujian yang mendeteksi antigen atau antibodi. Rapid test baru bisa mendeteksi seseorang reaktif setelah empat minggu terpapar virus,” ungkap Azzania sebagai salah satu anggota Tim Gugus Tugas COVID-19 di Jawa Barat.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan pengujian yang melibatkan reaksi secara berulang-ulang dengan tujuan untuk mengamplifikasi DNA atau materi genetik. Hal tersebut memungkinkan untuk menggunakan sampel uji yang jumlahnya sangat kecil. Pada kasus COVID-19, sampel swab dari pasien akan diisolasi RNA virusnya karena SARS-CoV-2 merupakan genom virus RNA. RNA merupakan material genetik dengan rantai tunggal. DNA dan RNA setiap spesies makhluk hidup membawa informasi genetik yang unik. Setelah diisolasi, RNA virus akan dibalik transkripsinya (reverse transcription) menjadi DNA. Proses mengubah RNA menjadi DNA menggunakan enzim reverse-transcriptase.

Maka dari itu tes PCR untuk COVID-19 bernama RT-PCR yang merupakan kependekan dari reverse-transcriptase polymerase reaction chain.
Setelah RNA berubah menjadi DNA, RT-PCR akan mengamplifikasi atau memperbanyak materi genetik sehingga dapat terdeteksi walaupun fragmen DNA cukup pendek. Pada RT-PCR ada primer dan probe yang merupakan kunci dalam identifikasi COVID-19. Primer dan probe merupakan desain pasangan dari basa nukleotida virus yang kita ingin amplifikasi.

Azzania mengungkapkan, tingkat ketelitian RT-PCR tergantung pada desain primer dan probe. Ketika urutan basa nukleotida virus berubah, maka primer dan probe perlu didesain ulang. “Ketelitian RT-PCR ditentukan dengan menggunakan senyawa flourescent dyes atau molekul nonprotein yang dapat mengabsorbsi cahaya dan melakukan emisi ulang cahaya tersebut ke dalam bentuk panjang gelombang yang lebih tinggi,” jelasnya.

Flourescent dyes yang menghasilkan fluoresensi akan ditangkap oleh mesin untuk membentuk kurva amplifikasi. Jika pasien positif, maka akan tercipta kurva amplifikasi. Saat ini, BUMN yang bergerak di dunia farmasi tengah mendesain primer dan probe untuk pendeteksian RT-PCR di Indonesia.

“Pengetahuan mengenai urutan basa nukleotida menjadi sangat penting karena perbedaan urutan basa nukleotida mengindikasikan perbedaan strain virus. Primer dan probe pada PCR perlu dimutakhirkan. Virus Indonesia mirip seperti di Wuhan namun seiring waktu virus dapat bermutasi sehingga akan mengancam keakuratan RT-PCR di Indonesia. Virus yang bermutasi adalah virus yang bisa berubah urutan basa nukleotida. Maka dari itu, perlu dilakukan sebuah metode yang bernama genome sequencing untuk mengetahui urutan dari basa nukleotida virus yang akan dicek oleh RT-PCR,” ungkap Azzania.

Hubungan RT-PCR terhadap Respons Pemerintah dan ITB

Adapun, data dari RT-PCR menjadi pertimbangan pemerintah untuk membuat arah kebijakan. Kebijakan zonasi berdasarkan risiko COVID-19 ditentukan oleh RT-PCR. Maka dari itu, pemutakhiran terhadap RT-PCR sangat berpengaruh. Selain itu, kecepatan pengetesan serta jumlah spesimen harus ditingkatkan demi pemetaan wilayah yang lebih baik.

“ITB juga perlu mempersiapkan AKB dengan disiplin terhadap protokol kesehatan. Selain itu, RT-PCR perlu dilakukan ke sivitas akademika yang diduga terkena COVID-19 supaya sivitas akademika ITB yang lain bisa aman dan selamat dari COVID-19,” tutur Azzania.

Reporter: Billy Akbar Prabowo (Teknik Metalurgi, 2016)