Program studi doktoral di bidang sains kebumian didirikan pada tahun 2003. Tujuan dari program studi ini adalah untuk membekali kandidat doktor dengan kemampuan dalam melakukan penelitian individu secara penuh di bawah pengawasan profesor. Penelitian yang diusulkan dapat berupa satu atau beberapa disiplin ilmu yang berkaitan dengan kebumian. Penelitian doktoral diharapkan dapat menjawab permasalahan khususnya masalah yang berkaitan dengan oseanografi fisik, seismologi, dan ilmu atmosfer. Mahasiswa pada program studi ini merupakan lulusan magister dari geosciences atau bidang terkait lainnya. Sejak Januari 2011, terdapat beberapa spesialisasi baru yang telah disepakati yaitu gempa bumi dan tektonik aktif (GREAT: Graduate Research on Earthquake and Active Tectonics).
