Pada mulanya kegiatan pendidikan magister farmasi dimulai sejak tahun 1980. Tetapi Program Studi Magister Farmasi dianggap secara resmi didirikan sejak SK Dirjen Dikti, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan yang dikeluarkan pada tanggal 23 Oktober 1993.
Program Magister Farmasi bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki keterampilan profesional dalam terkait keilmuan, berintegritas tinggi, memiliki kemampuan untuk mengembangkan diri dalam lingkup ilmu interdispliner yang lebih luas, serta mampu menerapkan keterampilan dan ilmunya kepada masyarakat dan bangsa. Program ini menawarkan empat pilihan yang dapat dipilih berdasarkan minat penelitian mahasiswa: