Program Studi Magister Teknik Air Tanah dikembangkan karena keunikan dari kondisi geologis dan sistem perairan di Indonesia. Oleh karena itu, ilmu hidrogeologi Indonesia harus dikaji secara menyeluruh oleh perguruan tinggi.
Kompetensi dasar mahasiswa pada program studi ini adalah di bidang geosains dan fluid science atau ilmu fluida. Maka dari itu, mahasiswa berlatar belakang non-geosains diwajibkan mengambil mata kuliah dasar di bidang hidrogeologi. Beberapa penelitian diselenggarakan dalam program studi ini, terutama pada hidrogeologi vulkanik, hidrogeologi karst, hidrogeologi zona tidak jenuh, penyimpanan dan pemulihan akuifer, hidrogeologi minyak bumi, beserta hubungan antara hidrogeologi dan geologi teknik.
Calon mahasiswa yang dapat mendaftar pada program studi ini adlaah adalah sarjana di bidang teknik geologi, teknik pertambangan, teknik perminyakan, teknik geofisika, geofisika dan meteorologi, teknik sipil, teknik lingkungan, fisika bumi, dan geografi fisik.
Kurikulum difokuskan pada masalah sumber daya air tanah, air tanah sebagai agen geologi, dan penerapan hidrogeologi di bidang teknik. Mata kuliah pada program studi ini dikemas menjadi 36 SKS yang dapat diambil dalam 3-4 semester.