Konferensi dua BME Days 2006 berlangsung pada hari Rabu, 15 November 2006. Konferensi dua ini dihadiri oleh peserta yang lebih banyak, tapi menipis saat hari mulai sore. Kemungkinan hal ini terjadi karena padatnya jadwal presentasi pada hari itu, terutama adanya Parallel session, atau presentasi pada waktu yang bersamaan.

Konferensi hari kedua ini menghadirkan dua plenary session yaitu ‘Biological and Clinical Engineering’ dan ‘Medical Imaging and Image Processing.’ Plenary pertama membahas mengenai penyakit rheumatik dan lupus. Dua dokter dari RSU Hasan Sadikin Bandung yaitu Rachmat G.Wachjudi, dr. Sp.PD-KR dan Noormartany, dr.Sp.PK, M.Si hadir menyampaikan metode-metode perawatan pasien melalui arus listrik dan immunodiagnostic. Metode perawatan ini dikorelasikan dengan kajian immunologi melalui presentasi Dr. Maria I. Iwo, Apt., salah satu staf pengajar Sekolah Farmasi ITB.

Konferensi hari kedua juga diisi dengan 24 presentasi dalam parallel sessions. Tiap parallel sessions diisi oleh dua pemateri yang berlangsung di dua ruang yang berbeda. Parallel session menampilkan karya-karya penelitian yang berhubungan dengan layanan kesehatan, sebagian besar mengaitkan teknologi dalam biomedika. Karya-karya penelitian yang dipresentasikan tidak hanya berasal dari ITB saja, melainkan perguruan-perguruan tinggi lain seperti dari Universitas Indonesia, Universitas Gajah Mada, Institut Teknologi Sepuluh November, Universitas Bina Nusantara dan Politeknik Negeri Jakarta. Bahkan karya penelitian dari University of Toronto oleh Sawitri Mardiyani juga hadir. Universitas Gajah Mada Yogya juga mempresentasikan empat karya penelitian yang bekerjasama dengan Rijksuniversiteit Gröningen, Belanda.