Program Magister Teknik Fisika merupakan program studi yang fokus mempelajari tentang desain konseptual suatu sistem (identifikasi, formulasi, sintesis analisis, evaluasi, pemodelan dan desain), dan mendidik mahasiswa untuk dapat melakukan penelitian secara mandiri berdasarkan metodologi ilmiah. Program studi ini menawarkan empat spesialisasi atau subjurusan, yaitu: